Les Xindis forment une alliance comprenant 5 espèces ayant toutes évolué sur la planète Xindus (aujourd’hui détruite). Dans le passé, six espèces intelligentes se sont développées simultanément sur Xindus, mais l’une d’entre elles s’est totalement éteinte. Ces 5 races survivantes sont réunies sous l’autorité du Conseil Xindi, qui comprend deux représentants de chaque espèce.
Les Arboreales, les Primates ou Humanoïdes, les Aquatiques, les Insectoïdes et les Reptiliens ont un ADN presque similaire, de l’ordre de 99.5 %, et ce malgré leurs morphologies extrêmement différentes même si toutes les espèces possèdent des crêtes caractéristiques sur leurs pomettes.
Les Xindis ont une longue et turbulente histoire, caractérisée par de nombreux conflits inter espèces, qui se sont finalement soldés par la destruction de leur planète mère en 2030. Pendant plus d’un siècle, les différentes ethnies Xindis se sont disputées le contrôle de leur planète mère : Xindus.
A la fin de cette guerre interminable, les Reptiliens et les Insectoïdes nouent une alliance qui sera à l’origine de la destruction de la planète et les Avians, une sixième espèce, sont incapables d’évacuer Xindus et disparaissent.
Commence alors, pour les survivants, une longue errance appelée l’ère de la Diaspora. Des échanges entre les différentes espèces survivantes Xindis sont entamés dans le but de chercher conjointement un nouvel endroit convenant à tous afin de s’y établir. Mais incapables de se mettre d’accord sur une seule et unique planète, ils finissent par en choisir plusieurs, toutes situées à l’intérieur de l’Etendue Delphique.
Etendue située à environ 50 AL de la Terre. Des nuages thermobariques et des anomalies spatiales nombreuses y rendent la navigation perticulièrement périlleuse, en faisant ainsi un repaire bien protégé.
C’est à cette époque que les Xindis furent contactés par des êtres interdimentionnels : les Gardiens. Les Gardiens assistèrent les Xindis durant la Diaspora, les conseillant et les protégeant des dangers propres à l’ Espace Delphique. Ils furent également responsables de la création du conseil Xindi qui depuis les a tous tenus rassemblés.
En 2140, les Gardiens informent le Conseil Xindi, que dans le courant du XXVIe siècle, les Terriens seront responsables de la destruction de leur nouvelle patrie. Dés lors, les Xindis cherchent à développer une arme capable de détruire la Terre.
Après un premier test qui fait 7.000.000 de victimes, Starfleet envoie l’Entreprise NX01, commandé par Jonathan Archer avec pour mission de trouver où se cachent les Xindis et de les empêcher d’utiliser leur arme destructrice.
A cette époque, la technologie Xindi est plus avancée que celle de Starfleet : les Xindis possèdent la technologie de distorsion mais surtout la capacité de créer des portails sub-spatiaux qui leur permettent de voyager très rapidement.
Archer réussira sa mission et ce qu’il découvre va frapper la civilisation Xindi au cœur. En effet, les Gardiens se servent en réalité des Xindis comme de pions sur l’échiquier de la Guerre Froide Temporelle. Les sphères qui sont sensées les protéger, ne servent en fait qu’à altérer leur propre espace-temps afin de le rendre conforme aux lois physiques des Gardiens..
Les Gardiens ayant découvert qu’au XXVIe siècle, la Fédération Unie des Planètes réduirait à néant leur tentative d’invasion, ont dés lors décidé d’utiliser les Xindis pour détruire préventivement la Terre.
Archer parviendra à convaincre le Conseil Xindi qu’il dit la vérité et malgré une tentative des Insectoïdes alliés aux Reptiliens pour voler l’arme, celle-ci sera détruite, ainsi que les sphères de l’Espace Delphique. Les Insectoïdes finiront par rejoindre le Conseil, enfin convaincus qu’Archer disait la vérité.
Les Xindis, libérés de l’influence des Gardiens exprimeront leur gratitude envers l’Entreprise pour leur avoir révélé la vérité et leur avoir permis de se réunifier.