Benjamin Sisko et le Maquis
Benjamin Sisko a toujours été en première ligne dans la lutte contre les combattants rebelles du Maquis, dès la confrontation initiale du groupe commandé par son vieil ami Calvin Hudson jusqu'à la trahison de son ancien subordonné Michael Eddington et à l'arrestation de son amie Kasidy Yates.
Le Capitaine Benjamin Sisko, commandant la station spatiale Deep Space Nine, entretient des relations fluctuantes avec les rebelles du Maquis, qui opèrent à partir de la Zone Démilitarisée, à la frontière de l'espace Cardassien. Sisko les a rencontrés à la suite d'attaques contre des vaisseaux et territoires Cardassiens de la Zone, en 2370. Il enquête sur cette affaire, en collaboration avec le Commander Calvin Hudson, officier attaché aux colonies de la Fédération Unie des Planètes subsistant dans la Zone. Issus de la même promotion de l'Académie de Starfleet, Hudson et Sisko sont restés amis depuis lors.
Calvin Hudson est de toute évidence en colère contre le traité qui place les colonies dans les frontières Cardassiennes. Il tente de montrer à Sisko ce que les colons ont accompli sans aucune aide de la Fédération.
Plutôt que de se bâtir une nouvelle vie dans des mondes éloignés, les colons préféreraient rester et combattre. La FUP semble bien les avoir abandonnés, même si Starfleet a proposé de les transférer sur d'autres planètes. C'est dans ces circonstances que naît le Maquis, constitué de citoyens de la Fédération rendus furieux par le traité entre Cardassia et la FUP, et persuadés que les Cardassiens livrent secrètement des armes à leurs mondes de la Zone démilitarisée. Tout en comprenant les souhaits du Maquis, Sisko ne peut approuver ses méthodes. Lorsque la responsabilité des rebelles dans la destruction d'un cargo Cardassien, le Bok'Nor, est établie, Sisko estime qu'ils ont dépassé les bornes.
Les premiers efforts des Cardassiens et de Starfleet pour contenir ce mouvement ne portent guère de fruits. La révélation (Hudson est en fait un dirigeant du Maquis) provoque chez Sisko un dilemme entre amitié et devoir. Ce problème atteint un point critique quand Sisko prend la tête d'une force expéditionnaire pour empêcher Hudson et le Maquis de lancer une attaque susceptible de réduire à néant le fragile traité de paix.
Avec l'aide de Gul Dukat, Ben Sisko évite l'attaque et perce à jour les menées clandestines des Cardassiens, qui introduisent des armes dans la Zone démilitarisée. Mais Sisko sait que la guerre va se poursuivre. S'il ne peut acquiescer aux actes de son vieil ami, il est tout aussi en colère contre la Fédération, qui considère les renégats comme des têtes brûlées, de simples irresponsables.
Les membres du Maquis sont furieux, effrayés et déterminés; quels que soient ses sentiments personnels, Benjamin Sisko sait qu'ils doivent être arrêtés avant qu'ils ne déclenchent une crise pouvant aboutir à la guerre.
Sisko entre une fois de plus en conflit au sujet du Maquis, lorsqu'un membre de son équipe, le chef Miles O'Brien, est piégé et accusé par le gouvernement Cardassien d'appartenir aux renégats.
Le Maquis se montre déterminé à repousser l'oppresseur Cardassien. En 2371, il met au point un plan complexe, Thomas Riker, membre du Maquis, se fait passer pour son « frère », le Commander William Riker de Starfleet, afin d'accéder à l' U.S.S. Defiant NX-74205. Tom Riker et les siens lancent le vaisseau détourné au coeur de l'espace Cardassien. Leur objectif: l'attaque d'une base secrète du système d'Orias, où l'Ordre de l'Obsidienne rassemble une flotte afin d'écraser les combattants du Maquis. Sisko est contraint de s'allier derechef à Gul Dukat, afin d'empêcher la destruction du Defiant et la mort de l'équipage de Riker, ainsi que de son otage, le Major Kira Nerys.
Quelques mois après, Starfleet s'inquiète sérieusement de la loyauté du Chef de la Sécurité Odo et affecte le Lieutenant Commander Michael Eddington à la station spatiale Deep Space Nine, en tant qu'Officier de Liaison Sécurité. Or, Eddington va trahir son serment envers Starfleet et rejoindre le Maquis. Ben Sisko se lance alors à ses trousses avec l'U.S. S. Defiant, ce qui l'oblige à affronter les dangereux orages plasmiques des Badlands.
Les problèmes de Benjamin Sisko avec le Maquis s'aggravent lorsque son amie Kasidy Yates, Capitaine du cargo spatial Xhosa, est concernée. Divers indices donnent à penser qu'elle serait membre ou sympathisante du Maquis, pour qui elle ferait de la contrebande. Sisko préférerait ne pas le croire, mais après qu'il ait, à contrecoeur, autorisé le Defiant à la suivre lors de son voyage suivant, l'équipage assiste à une téléportation du Xhosa vers un Raider du Maquis. Bien que son seul crime soit d'effectuer des livraisons médicales, Kasidy est à son insu l'instrument d'un complot ourdi par Michael Eddington pour s'emparer de plusieurs réplicateurs destinés à Cardassia. Kasidy a l'occasion de s'enfuir, mais elle décide de rentrer pour affronter les sanctions.
Plus déterminé que jamais, Ben Sisko poursuit furieusement Michael Eddington, prêt à tout pour atteindre son objectif. Il réussit finalement à l'arrêter, mais cela ne lui apporte guère de satisfaction, tant le prix à payer est élevé, Sisko apprend en effet que son vieil ami Hudson est à priori mort en combattant pour protéger une colonie du Maquis contre les Cardassiens.
Plus tard, après que Cardassia s'est alliée au Dominion, les forces combinées du Jem'Hadar et des Cardassiens parviennent en quelques jours à pratiquement anéantir le Maquis. Quelques rebelles rescapés dans les Badlands sont secourus par Sisko, aidé d'Eddington, désormais incarcéré. Eddington sacrifie sa propre vie pour permettre à ses compagnons de s'échapper. Sisko se dit alors que son vieil adversaire était peut-être l'homme le plus honorable qu'il eût jamais connu.
Maintenant que leur mouvement est écrasé, Sisko se prend presque à espérer que ces vaillants rebelles (c'est ainsi qu'il les considère à présent) l'emportent dans les Badlands. Sa lutte contre le Maquis a pris un tour très personnel et lui a beaucoup coûté, mais en fin de compte, il a vu dans ses adversaires des êtres luttant pour ce en quoi ils croyaient, ce qui mérite respect et même admiration.
