
Le Capitaine Benjamin Sisko présente des états de service exemplaires au sein de Starfleet. En plus de deux décennies de carrière, le jeune élève officier inexpérimenté s'est mué en un capitaine fort respecté et occupant l'un des postes les plus cruciaux de la Fédération.
Une bataille fatidiqueLe Saratoga disparu, Sisko est affecté aux Chantiers spatiaux Utopia Planitia sur Mars. Sa formation technique trouve son aboutissement dans la direction de l'équipe de développement d'un cuirassé expérimental, l'U.S.S. Defiant, destiné à servir de première ligne défensive contre de nouvelles attaques des Borgs. Lorsque la menace Borg semble diminuer, le projet Defiant est mis en réserve, mais sera ultérieurement réactivé contre le Dominion.
Deep Space Nine
Peu après son arrivée, toutefois, Sisko découvre un vortex stable reliant les quadrants Alpha et Gamma. A l'intérieur de ce vortex, il rencontre des êtres en qui les Bajorans voient les Prophètes de leur religion. Les expériences vécues par Sisko dans le vortex l'aident à surmonter la perte de sa femme, il en sort avec une attitude plus positive envers la vie et sa carrière dans Starfleet. La découverte du vortex par Sisko amène aussi les Bajorans à croire qu'il est l'Emissaire, le lien entre les Prophètes et le peuple de Bajor. Ce rôle n'est guère confortable pour Sisko, car il se heurte souvent à celui d'officier de Starfleet.
En tant que Commandant de Deep Space Nine, Sisko occupe l'un des postes les plus sensibles de la Fédération. Ses talents de diplomate, combinés à ses connaissances en matière de stratégie militaire, le placent au point névralgique des rapports entre la Fédération, Cardassia, Bajor et l'Empire Klingon, exposés aux menaces venues du quadrant Gamma, celles du Jem'Hadar et du Dominion. Les performances exemplaires de Sisko lui valent d'accéder au grade de Capitaine à la fin de 2371 et bon nombre des officiers ayant servi sous ses ordres jugent cette promotion bien tardive. Familier des affaires du quadrant Gamma, Sisko est un atout précieux pour Starfleet Command. En 2372, alors que l'on craint une infiltration de Starfleet Command par des membres du Dominion, il est rappelé sur Terre et temporairement nommé Chef de la Sécurité de Starfleet.
Après la prise de contrôle de Deep Space Nine par le Dominion et l'évacuation de son personnel par Starfleet, en 2373, Sisko joue un rôle important dans les opérations militaires de Starfleet et mène à bien de nombreuses missions contre le Dominion à bord du Defiant. En 2374, l'Amiral Ross le retire du front pour faire de lui son adjoint. Lorsque Starfleet apprend que le Dominion a mis au point une méthode de désactivation du champ de mines qui entoure le vortex, Sisko reçoit le commandement d'une armada de vaisseaux et parvient à reprendre Deep Space Nine. II réintègre alors son ancien poste de Commandant de la station.